Космозоолог Игорь Селезнев отправляется в космическую экспедицию на планету Блук за экземплярами редких животных для московского Космического Зоопарка. В экспедицию с Селезневым отправляется его дочь Алиса, штурман корабля Полосков и бортмеханик Зеленый. По совету археолога Громозеки с планеты Чумароза, герои решили по дороге залететь в музей, расположенный на планете Трех Капитанов. Встреча космических путешественников с директором музея Верховцевым прошла в довольно напряженной атмосфере. Верховцев нервничал и вел себя подозрительно. С момента посещения музея с экипажем «Пегаса» начинают происходить странные вещи. По мере своего путешествия по галактике они время от времени находят улики, связанные с пропажей трех капитанов. Экипаж Селезнева отправляется по следам капитанов на третью планету системы «Медуза». Приближаясь к разгадке исчезновения капитанов, путешественники неожиданно находят корабль одного из пропавших капитанов — «Синяя чайка», на котором они сталкиваются с космическими пиратами. Благодаря решительным действиям Алисы, которая сумела улизнуть от пиратов и найти одного из пропавших капитанов, герои освобождаются и спасают еще двух капитанов, находившихся в плену у пиратов.